Según la Asociación Rosarina de Fútbol, Messi jugó en la escuela de fútbol infantil de Newell's hasta los doce años. Debutó ante Pablo VI el 9 de abril, en un encuentro que Newell's ganó 6 a 0, con cuatro tantos suyos.En 1995, Ernesto Vecchio dirigió la categoría 1987, conocida como "La Máquina '87", en la que jugaba Messi. Con el club ganó, entre otros títulos, la Copa de la Amistad de Perú en 1997. En una entrevista realizada en 2014, Vecchio comentó: "Verlo jugar a Leo con tan corta edad realmente era impresionante. Uno no podía creer (…) ver un chico con esa virtud, esa calidad, y tan menudito, chiquitito, que haga tantas cosas con la pelota".
| Equipo | Año | Partidos | Goles | Promedio |
|---|---|---|---|---|
| Newell`s "A" (Categoría ‘87) |
1994 | 29 | 40 | 1.38 |
| 1995 | 30 | 36 | 1.2 | |
| 1996 | 27 | 36 | 1.33 | |
| 1997 | 36 | 40 | 1.11 | |
| 1998 | 25 | 27 | 1.08 | |
| 1999 | 29 | 55 | 1.9 | |
| Total* | 176 | 234 | 1.33 |
Messi formó parte de los equipos menores del Barcelona entre 2000 y 2005. Realizó las pruebas preceptivas en las instalaciones de La Masía. A los tres meses, el 14 de diciembre, se produjo la firma en una servilleta, como contrato, donde Rexach se comprometía a su fichaje.
Su debut se produjo en un partido con el Infantil B de Xavi Llorens ante el Amposta, el 7 de marzo de 2001, en el que anotó un gol, pero en el siguiente partido, se fracturó el peroné izquierdo en una acción fortuita con un rival del Ebre Escola Esportiva, por lo que no pudo jugar el resto de la temporada 2000/2001.
La temporada 2001-2002 la comenzó en el Infantil A, donde jugó 14 partidos y marcó 21 goles, con un coeficiente de gol de 1,5 por partido, el más alto de su carrera. Lo ascendieron esa misma temporada, al Cadete B de Tito Vilanova, aunque por problemas burocráticos, no jugó de manera oficial, solo podía disputar partidos amistosos.
La temporada 2002-2003 la disputó en el Cadete A, equipo con el que ganó todos los títulos de su categoría.
La temporada 2003-2004 la comenzó en el Juvenil B el 8 de agosto de 2003, en el marco de la Toyota U17 Club World Cup y con el Feyenoord neerlandés como rival, al que los españoles vencieron por 3-1 (Messi disputó los 90 minutos y dio una asistencia a Franck Songo'o). El 14 de septiembre, debutó con el Juvenil A de Juan Carlos Pérez Rojo, en el triunfo 3-0 sobre el Hércules por la jornada 2 del campeonato, y ante el Gimnastic de Tarragona, el 26 de octubre, firmaría el primero de sus dos pókers del curso: goles a los 7, 55, 65 y 90 minutos de partido para el 0-7 del Barcelona.
El 29 de noviembre de 2003, esa misma temporada, debutó con el Barcelona C de la Tercera División de España y a los pocos meses con el Barcelona B, contra el Mataró por la jornada 28 del campeonato de la Segunda División B, el 6 de marzo de 2004. Jugó además en la recta final de temporada partidos con los juveniles A y B, de la División de Honor Juvenil y Copa del Rey Juvenil de Fútbol. Incluso antes de esos debuts, Messi jugó un partido de exhibición con el primer equipo el 16 de noviembre de 2003 a los 16 años y 145 días ante el Porto.
La temporada 2004-2005 la disputó con el Barcelona B y el primer equipo, alternando partidos en Segunda División B y Primera División.
| Club | División | Temporada | Partidos | Goles | Promedio |
|---|---|---|---|---|---|
| F. C. Barcelona | Infantil B | 2000-01 | 2 | 1 | 0.5 |
| Infantil A | 2001-02 | 14 | 21 | 1.5 | |
| Cadete B | - | - | - | ||
| Cadete A | 2002-03 | 30 | 37 | 1.23 | |
| Juvenil B | 2003-04 | 7 | 4 | 0.57 | |
| Juvenil A | 21 | 31 | 1.48 | ||
| Barcelona C | 10 | 5 | 0.5 | ||
| Barcelona B | 6 | 0 | 0 | ||
| 2004-05 | 17 | 6 | 0.35 | ||
| Total* | 107 | 105 | 0.98 | ||